疾病预防控制工作绩效评估标准由疾病预防控制区域绩效评估指标和疾控机构绩效评估指标组成。

　　1. 疾病预防控制区域绩效评估指标适用于省、市（地）、县、乡镇街道（社区）行政区域中上级政府对下级政府，或本级政府行政绩效考核中疾病预防控制工作部分的绩效考核；也适用于在创建国家卫生城镇、健康城市（城区），促进基本公共卫生服务逐步均等化和人人享有初级卫生保健等有关区域考核中对疾病预防控制工作情况的评价。区域绩效考核指标包括传染病预防控制、慢性非传染性疾病预防控制、突发公共卫生事件处置、健康危害因素监测评价与干预、健康教育和健康促进、运行保障等6个类别17个指标。
　　2. 疾控机构绩效评估指标适用于对省、市、县级疾控机构工作的绩效考核。省、市（设区）、县级疾控机构绩效考核指标包括疾病预防控制、公共卫生突发事件应急处置、信息管理、健康危害因素监测与控制、实验室检验、健康教育与健康促进、技术指导与应用研究、综合指标等8个类别，其中省级机构34个项目77个指标，设区市级35个项目104个指标，县级机构35个项目101个指标。