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新型冠状病毒肺炎文献梳理(2020.02.23)
信息来源自: 中国疾病预防控制中心
发布时间:2020/2/25
阅读次数:3390

本文检索并整理了世卫组织公布新冠病毒全球研究的九大重点:新冠病毒的自然史、传播模式和诊断方法;识别动物宿主;流行病学研究;临床特征和管理;疫情防控;候选疗法的研发;候选疫苗的研发;伦理评估;应对疫情相关的社会科学层面诸多问题的潜在驱动因素九个领域的新文献,共梳理出8篇文献,供参考。详情如下: 

  

  一、新冠病毒的自然史、传播模式和诊断方法 

  1. 2020221日《Infection, Genetics and Evolution》:匹兹堡大学科学家研究COVID-19病毒的遗传多样性与进化 

  机构或团队:匹兹堡大学、匹兹堡大学医学中心 

  事件概要: 

  221日,《Infection, Genetics and Evolution》上发表了匹兹堡大学和匹兹堡大学医学中心的题为“Coronavirus epidemic snarls science worldwide”的文章,对86COVID-19全基因组和近全基因组(near-complete genomes)进行了遗传分析。 

  基因组数据下载自GISAID数据库(https://www.GISAID.org/),86个病毒基因组来自中国(50例)、美国(11例)、澳大利亚(5例)、日本(5例)、法国(4例)、新加坡(3例)、英国(2例)、中国台湾(2例)、韩国(1例)、比利时(1例)、德国(1例)和越南(1例)的SARS-CoV-2感染患者。采用ClustalX2进行了双序列核酸比对,并以China/WHU01/2020/EPI_ISL_406716的基因序列作为参考基因组。 

  文章发现COVID-19的编码区和非编码区存在许多突变和缺失。这些分析结果为这种新型冠状病毒的遗传多样性和快速进化提供了证据。 

  原文链接: 

  https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S1567134820300915 

  2. 2020221bioRxiv预印版:2019年新型冠状病毒受体结合的多尺度和比较模型及其在宿主细胞中生命周期的影响 

  机构或团队:艾伯特·爱因斯坦医学院 

  事件概要: 

  艾伯特·爱因斯坦医学院的科研人员在bioRxiv预印版平台发表论文“A Multiscale and Comparative Model for Receptor Binding of 2019 Novel Coronavirus and the Implication of its Life Cycle in Host Cells”,从分子水平上提供了一种可能的解释,即新疾病的传播速度远快于SARS 

  文章提到,自201912月以来,由新型冠状病毒引起的呼吸系统综合症已从中国涌现,并在全球造成1000多人死亡,这种称为2019年新型冠状病毒(2019-nCoV)的新病毒使用与血管紧张素转换酶2ACE2)以冠状病毒的形式袭击人类,这种病毒在17年前导致了严重的急性呼吸道综合症(SARS)。两种病毒都通过其表面的刺突蛋白(S蛋白)识别ACE2,发现来自SARS冠状病毒的S蛋白(SARS-CoV)与ACE2的结合要强于2019-nCoV,但是生物系统的功能通常处于动力学而非热力学控制之下。为了解决这个问题,科研人员构建了ACE22019-nCoVS蛋白之间形成的复合物的结构模型,通过多尺度模拟方法可以估计它们的缔合率并将其与SARS-CoVS蛋白的结合进行比较。模拟结果表明,新病毒与受体的结合要比SARS慢,这与最近获得的实验数据一致。科研人员进一步将这种病毒和受体之间缔合速率的差异整合到一个数学模型中,该模型描述了病毒在宿主细胞中的生命周期及其与先天免疫系统的相互作用。有趣的是,科研人员发现病毒与受体之间较慢的缔合可以导致更长的潜伏期,同时仍保持人体中相对较高的病毒浓度。因此,科研人员的计算研究从分子水平上提供了一种可能的解释,即新疾病的传播速度远快于SARS 

  *注,本文为预印本论文手稿,是未经同行评审的初步报告,其观点仅供科研同行交流,并不是结论性内容,请使用者谨慎使用。 

  原文链接: 

  https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.02.20.958272v1.full.pdf 

 

   

  二、识别动物宿主 

  1. 2020220bioRxiv预印版:2019新型冠状病毒与穿山甲冠状病毒相关,但不能直接支持其源于后者 

  机构或团队: 

  广东省应用生物资源研究所广东省动物保护与资源利用重点实验室/广东省野生动物保护与利用公共实验室;中国水产科学研究院南海水产研究所农业部南海渔业资源开发利用重点实验室;密苏里大学医学院分子微生物与免疫学系等 

  事件概要: 

  bioRxiv220日出版了广东省应用生物资源研究所等发表的预印本论文“Are pangolins the intermediate host of the 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) ?”。 

  文章指出,最近的研究表明,2019-nCoV可能是蝙蝠起源的,但涉及其他潜在的中间宿主。 

  这项研究组装了患病穿山甲中鉴定出的冠状病毒基因组。分子和系统发育分析表明,穿山甲冠状病毒(pangolin-CoV)与2019-nCoV和蝙蝠冠状病毒均具有遗传相关性,但并不能直接支持2019-nCoV从穿山甲CoV产生的推断。 

  该项研究还表明,穿山甲是β冠状病毒的天然宿主,具有感染人类的潜力。对穿山甲中冠状病毒的大规模监测可以增进对穿山甲中冠状病毒谱的了解。保护野生动物和限制人类接触野生动物对于降低冠状病毒由野生动物向人类溢出的风险至关重要。 

  *注,本文为预印本论文手稿,是未经同行评审的初步报告,其观点仅供科研同行交流,并不是结论性内容,请使用者谨慎使用。 

  原文链接:  

  https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.02.18.954628v1 

 

   

  三、流行病学研究 

  1. 2020220日《The Lancet Digital Health》基于众包数据的2019年冠状病毒疾病暴发的早期流行病学分析:一项人群水平的观察性研究 

  机构或团队:美国国家卫生研究院福格蒂国际中心国际流行病学和人口研究所 

  事件概要: 

  The Lancet Digital Health220日出版了国际流行病学和人口研究所等发表的论文“Early epidemiological analysis of the coronavirus disease 2019 outbreak based on crowdsourced data: a population-level observational study”。文章显示,随着2019年冠状病毒病(COVID-19)暴发的进展,需要流行病学数据来指导态势感知和调整策略。本研究描述了编写和传播关于COVID-19的流行病学信息的努力,这些信息主要来自新闻媒体和社交网络。 

  在这一人群层面的观察性研究中,研究人员搜索了DXY.cn网站(这是一个以医疗保健为导向的社交网络,目前正在报导中国地方和国家卫生机构给出的关于COVID-19新闻)。编制了一份2020113日至131日中国COVID-19患者的个人名单和每日省级病例统计表单。文章还从全球新闻媒体(共同社、海峡时报和CNN)、各国政府和卫生当局新闻中收集了一份COVID-19病例的国际感染者表单。文章评估了COVID-19的流行病学趋势,并研究了中国各地的疫情发展,评估了症状出现、在医院或诊所寻求治疗以及在2020118日之前和之后的报告,因为对疫情的认识有所增加。 

  研究表明,2020113日至131日报道的507COVID-19患者的数据,其中中国大陆364例,国外143例,其中男性281(55%),中位年龄46(IQR 35-60)15岁以下的患者很少(13[3%]),中国患者的年龄分布也证实了儿童感染的很少。在整个分析期间,湖北省出现症状和到医院或诊所就诊之间的延迟时间比中国大陆其他省份和国际上都要长。在中国大陆,这些延迟时间从2020118日之前的5天减少到2020131日之后的2(p=0.0009)。研究指出,该样本在分析期间只捕获了官方来源报告的9826COVID-19患者中的507(5.2%),但其数据与中国官方于2020128日发布的报告一致。 

  研究显示,新闻报道和社会媒体可以帮助明确疫情的进展,并在卫生紧急情况下提供详细的患者级数据。一个以医生为中心的社交网络的可用性促进了中国COVID-19数据的公开和可收集。随着疫情的发展,社交媒体和新闻报道可能会捕捉到越来越少的COVID-19病例,这是由于报道疲劳和卫生保健系统不堪重负造成的。在疫情的早期阶段,公共数据集的可获得性对于鼓励独立团队进行分析工作和提供有力证据指导干预措施具有重要意义。 

  原文链接: 

  https://www.thelancet.com/journals/landig/article/PIIS2589-7500(20)30026-1/fulltext 

 

    

  四、临床特征和管理 

  1. 2020220日《柳叶刀》预印版:57322019-nCoV感染患者的临床特征分析 

  机构或团队: 

  淄博中心医院整形外科;首都医科大学康复系 

  事件概要: 

  《柳叶刀》预印版于220日发表了淄博中心医院整形外科等发表的论文“Clinical Characteristics of 5732 Patients with 2019-nCoV Infection”,通过分析2019年新冠状病毒(2019- ncov)患者的临床特征,旨在为2019年新冠状病毒(2019- ncov)的治疗和预防提供可靠的循证医学依据。 

  作者通过检索PubMedCochrane LibraryEmbase等数据库。收集2019-nCoV感染临床特征的相关研究进行meta分析。8项指标,57322019-nCoV感染病例被纳入Meta分析。    

  根据Meta分析,在2019-nCoV感染患者的临床特征中,发烧的发生率为90.9%,咳嗽的发生率 70.8%,肌肉酸痛或疲劳的发生率是41%。急性呼吸窘迫综合征(ARDS)的发生率为14.8%,胸部CT异常的发生率为95.6%,重症病例在所有感染病例中的比例为24.3%,2019-nCoV感染患者的死亡率为6.4 %。发热、咳嗽是2019-nCoV感染患者最常见的症状,多数患者胸部CT检查异常。有些人有肌肉酸痛或无力,ARDS。腹泻、咳血、头痛、咽喉痛、休克等症状只在少数患者中出现。2019-nCoV感染患者的死亡率低于严重急性呼吸综合征(SRAS)和中东呼吸综合征(MERS)患者。 

  *注,本文为预印本论文手稿,是未经同行评审的初步报告,其观点仅供科研同行交流,并不是结论性内容,请使用者谨慎使用。 

  原文链接: 

  https://papers.ssrn.com/sol3/papers.cfm?abstract_id=3539664 

 





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